El monasterio del Escorial había sido víctima de sucesivas exclaustraciones durante la primera mitad del siglo XIX. A la expulsión de los monjes habían seguido saqueos y pillajes. Isabel II lamentaba la decadencia del culto de la basílica, así como el abandono en que se encontraban las zonas del edificio ocupadas en otro tiempo por la comunidad monástica y por las actividades que atendía (seminario y colegio).Aprovechando un momento de relativa bonanza política (gobierno de los “moderados”), la Reina encargó al P. Claret que diese vida a aquella maravilla arquitectónica. Fue nombrado Presidente del Escorial el día 5 de agosto de 1859. De inmediato comenzó a establecer allí diversas instituciones, atendiendo a la intención fundacional del monasterio y a las necesidades de la época. En octubre ya inició su funcionamiento, bien organizada, una Corporación de Capellanes que dignificó el culto de la basílica. En 1860 creó un seminario supradiocesano de un nivel intelectual y espiritual insólito en aquella época; y en 1861 fundó un colegio de segunda enseñanza; finalmente en 1866 inició su andadura el colegio universitario.   Elementos antimonárquicos y antieclesiásticos fueron enemigos de todo lo que iba surgiendo en El Escorial. Claret fue acusado en el Parlamento de malversador de bienes y fondos, y de que el colegio no cumplía la legalidad vigente, etc. Los celos de alguna autoridad eclesiástica también le dieron mucho que sufrir. Y, de puertas adentro, no fue fácil a un grupo de sacerdotes seculares llevar vida cuasimonástica, para la que no tenían vocación ni formación.Claret, muy avezado en sufrir persecuciones y afrontar dificultades, siente que su resistencia tenía también límites. Pero no se decide por sí mismo a tirar la carga, sino que consulta con su confesor, D. Paladio Currius; y no quiere dejar en la estacada: piensa en posibles soluciones para que no se malogre el bien que ya se está haciendo. En medio del cansancio, Claret practica la prudencia y busca una salida positiva.